Jordanki są częścią dawnego Przedmieścia Chełmińskiego, które rozciągało się za północną częścią murów Starego Miasta.Pierwotnie teren stanowił gospodarcze i rolnicze zaplecze średniowiecznego Torunia. Od końca XIII wieku poza budynkami mieszkalnymi powstawało na nim wiele rzemieślniczych warsztatów, a także rozwijało się ogrodnictwo,pszczelarstwo oraz sadownictwo. Teren wielokrotnie przekształcano. Od XVII wieku w jego obrębie tworzono na przemian sieci fortyfikacji oraz mniejsze i większe tereny ogrodowo-parkowe.
Centrum Kulturalno-Kongresowe Jordanki powstało w miejscu dawnej fosy okalającej jeden z nieistniejących już bastionów, które otaczały swoim pierścieniem całe Stare Miasto. Decyzję o ostatecznej likwidacji tych fortyfikacji władze Torunia podjęły dopiero w latach 20. XX wieku. W ich miejscu powstał szeroki pas zieleni, który sprawił, że po dawnej zabudowie nie pozostał na powierzchni żaden ślad. W bliskim sąsiedztwie sali mieścił się też jeden z dwóch zajazdów na Chełmińskim Przedmieściu – „Fortuna”.
Teren swoją popularną nazwę zawdzięcza Henrykowi Jordanowi. Ten lekarz, społecznik oraz pionier wychowania fizycznego był pomysłodawcą tworzenia w Polsce publicznych ogrodów zabaw i gier ruchowych dla dzieci. Pierwszy z nich powstał w 1889 roku w Krakowie. Mieścił się w nim m.in. basen, kilka boisk sportowych oraz ścieżek zdrowia. Krakowski ogród stał się wzorem do stworzenia podobnych wielofunkcyjnych obiektów, które z czasem otwarto również w Warszawie, Nowym Sączu, Częstochowie, Lublinie i Włocławku.
W Toruniu ogród jordanowski powstał dopiero w połowie lat 50. XX wieku i związany był z rozwojem działalności Klubu Sportowego „Start-Wisła”. W 1956 roku wybudowano pierwszych sześć kortów tenisowych. Dokładnie 10 lat później powstał również basen, a także piętrowy pawilon sportowy KS „Start Wisła”. Swoje miejsca znalazły w nim wówczas m.in. Międzyszkolny Ośrodek Sportu, Przychodnia Sportowo-Lekarska, Wojewódzka Federacja Sportu, a także kawiarnia, niewielki hotelik sportowy i szatnie.
Teren położony w sąsiedztwie gotyckiej starówki przez wiele lat były ulubionym miejscem sportowo-rekreacyjnym torunian. „Jordanki” wraz z „Wodnikiem” i „Flisakiem” tworzyły kompleks popularnych letnich kąpielisk miejskich. Organizowano tutaj kilkanaście imprez plenerowych rocznie. Tak było aż do lat 80. XX wieku, kiedy to stopniowo Jordanki zaczęły tracić swój dotychczasowy charakter. Zlikwidowano basen, pawilon sportowy częściowo zmienił swoje przeznaczenie, a okoliczny teren zaczął ulegać dewastacji. Do 2010 roku prężnie działały już tylko klubowe korty tenisowe.
Badania archeologiczne prowadzone na Jordankach w latach 2010-2012 dostarczyły nowych informacji na temat tej części Przedmieścia Chełmińskiego. Przede wszystkim o przebiegu linii fortyfikacji miejskich z drugiej połowy XIX wieku. Podczas pierwszego etapu prac związanych z przesunięciem płynącej pod powierzchnią Strugi Toruńskiej, natrafiono również na kilkadziesiąt fragmentów ceramiki wczesnośredniowiecznej oraz nowożytnej, a także na takie drobne przedmioty jak nabój mauzera, cybuch fajki i kamienną osełkę.
O wiele ciekawszego odkrycia dokonano na przy okazji prac związanych z przebudową sieci ciepłowniczej w 2011 i 2012 roku. Archeolodzy wydobyli z ziemi ułamki fajek fajansowych, ozdobne okucia pasów, kule muszkietów, ołowiane plomby i zabytkowe monety. Część z nich była bita w latach 60. XVII wieku za czasów Jana Kazimierza. Pozostałe to pruskie monety bite za czasów Fryderyka Wilhelma w XVII wieku. Przy okazji prac natrafiono również na fragment brukowanej ulicy z końca XVIII wieku lub przełomu XVIII i XIX wieku.